木瓜蛋白酶能帮助蛋白消化，可用于慢性消化不良及胃炎等。亦可用于腹腔注射防治粘连，动物试验证明其防治粘连再发的效果比胰蛋白酶好。未成熟果实的浆汁在炭疽病灶中能消化损坏的组织，而健康的组织不受影响；成熟的果实效果较差。木瓜蛋白酶水溶液可溶解小血块，如加入微量谷胱甘肽则溶解更快。也能溶解粘稠的脓；土霉素、金霉素、氯露累、链霉素可延缓这一作用，青霉素、磺胺及 Gastrisin对之则无影响。
