木瓜蛋白酶是一种具有蛋白水解功能的酶，具有半胱氨酸蛋白酶活性，该酶属于超家族，它由单一多肽链组成，含有三个二硫键和一个酶活性所必需的巯基，其来源是绿色的木瓜（图1），木瓜酶的活性取决于果实的绿色。木瓜酶在所有生物的许多重要功能中具有重要作用[32]。例如对短链多肽、蛋白质、酯化氨基酸和酰胺键具有广泛的蛋白分解功能，在医药和食品原料中具有广泛的功能。它特异性地裂解带正电荷的氨基酸肽链，主要是赖氨酸、精氨酸和苯丙氨酸残基。
分子量：23,406 Da（氨基酸序列[16]，活性最适pH：6.0-7.0；
活性最适温度：65 °C[22]，pI：8.75 [17]; 9.55[18] ，光谱特性：λmax：278 nm[19]；
消光系数：E1% = 25[19]，EmM = 57.6 (280 nm)[20]。
抑制剂：E-64、胱胺二盐酸盐、胰凝乳蛋白酶抑制剂、依布硒、亮肽素 三氟乙酸盐
单位定义：在25 °C，pH 6.2条件下，一单位每分钟水解1.0 µmole N-α-苯甲酰-L-精氨酸乙酯。
分离自绿色番木瓜
特异性
木瓜蛋白酶可消化大部分蛋白底物，比胰蛋白酶范围更广。木瓜蛋白酶具有广泛的特异性，可断裂基础氨基酸，亮氨酸或甘氨酸的肽键。它还能水解脂类和酰胺类化合物。木瓜蛋白酶更倾向于P2位置有大的疏水侧链的氨基酸，它不接受P1'位置的缬氨酸[1]。
溶解度和溶液稳定性
木瓜蛋白酶以10mg / ml溶于水中。使用之前，稀释于含5mM L-半胱氨酸的缓冲液中。它的活化/稳定剂包括EDTA、半胱氨酸和二巯基丙醇[21]。尽管木瓜蛋白酶溶液具有很好的温度稳定性，不过它的稳定性却依赖于pH。在酸性条件下，木瓜蛋白酶溶液并不稳定，例如在pH低于2.8时其活性大幅下降。在溶解状态下，木瓜蛋白酶的活性每天约丧失1-2%，可能是自我分解和/或氧化作用所致。在分离过程中获得的木瓜蛋白酶常见的非活性形式，是蛋白质的活性位点巯基和游离半胱氨酸之间形成的混合二硫化物[23]。木瓜蛋白酶溶液在几种变性剂中也保持稳定，例如经70%甲醇和8M尿素溶液再结晶之后依然保持完整活性。不过，经10%三氯乙酰或6M盐酸胍处理后木瓜蛋白酶的活性大幅下降。
